A práctica totalidade dos casos de SARS-CoV-2 en España proceden de cinco liñaxes xenéticas

A2a5, a segunda liñaxe máis importante do virus en España, puido orixinarse en Italia, o lugar onde xorde o seu devanceiro evolutivo, A2a, á súa vez, o máis importante a nivel mundial. Esta última chegaría a España a principios de marzo e rapidamente faise forte en Madrid, explican os investigadores. Moitas destas liñaxes, xa sexan as xeradas dentro de España, como as importadas de fóra, puideron ser exportadas a outros lugares do mundo, como Inglaterra (B3a) ou Sudamérica (B3a ou A2a4, entre outras).

O grupo de investigadores liderado polos profesores da Facultade de Medicina, Salas e Martinón, pertencentes ao Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela, descifrou o comportamento do virus no Estado. España representa un dos grandes focos mundiais da primeira onda da pandemia. Coa finalidade de entendela dende o punto de vista do axente causal, o equipo de investigadores analizou un total de 41.362 xenomas, dos cales 1.245 compoñen a mostra española. Este é o maior estudo global levado a cabo ata a data en relación coa variabilidade xenómica do SARS- CoV-2 no mundo e o primeiro publicado en explorar a variación xenética en España.

B3a, a primeira liñaxe española

O presente estudo é unha continuación do proxecto pioneiro previo do mesmo grupo de investigación onde os autores descubriron a importancia dos super-contaxiadores como gran motor da pandemia SARS-CoV-2. Esta vez, os científicos centraron os seus esforzos en comprender a dinámica de transmisión en España. Segundo este estudo, existen cinco liñaxes principais que explican case o 90% de todas as incidencias na base de datos de xenomas: A2a5 (38.4%), B3a (30.1%), B9 (8.7%), A2a4 (7.8%), e A2a10 (2.8%). “Mediante unha combinación de análises evolutivas e matemáticas que teñen en conta non só a cronoloxía dos xenomas, senón tamén os seus patróns de variación xenómica, fomos capaces de reconstruír a orixe máis probable destas liñaxes, dentro e fóra de España”, explica Antonio Salas. O estudo constata que mentres que B3a, B9 e a sub-liñaxe A2a5c xurdiron en España; A2a5, A2a4 e A2a10 foron importados doutros países de Europa.

Un aspecto distintivo do SARS- CoV-2 en España é a frecuencia tan elevada de xenomas pertencentes á cepa B: 39.3%; maioritariamente representadas polas sub-cepas B3a e B9. “No estudo presentado, faise unha investigación ao máis puro estilo policial axuntando a información que procede de distintas fontes, basicamente evolutivas, xeoespaciais e cronolóxicas (filogeografía), e axudándose da enorme fonte de información achegada pola gran base de datos internacional de xenomas utilizada no estudo”, explica Salas. En relación coa liñaxe B3a, e á luz dos datos existentes nos xenomas que compoñen a mostra, o estudo conclúe que o País Vasco é a zona máis probable para albergar a súa orixe. Doutra banda, A2a5, a segunda liñaxe máis importante en España “moi probablemente orixinouse en Italia, outro dos grandes epicentros non asiático na expansión do coronavirus”, afirman Salas e Martinón.

A mutación D614G é menos frecuente en España

Existen xa algúns traballos que apuntan a que a mutación D614G no coronavirus confírelle unha maior capacidade de transmisión. “O noso estudo indica que esta mutación está presente en aproximadamente un 56% de todas as cepas de España, o cal podería parecer moi alta, pero é con todo a máis baixa de toda Europa (82%)”, sinalan. Os resultados destes investigadores non apoian unha implicación desta mutación na alta incidencia da COVID-19 en España, non soamente pola súa frecuencia que é difícil de encaixar coa incidencia da enfermidade, senón tamén porque a mutación xorde en A2 e non A2a; pero é A2a, con todo, “a cepa que ten éxito a nivel mundial”. Os autores propoñen que é o azar, tecnicamente deriva xénica, favorecido por eventos de super-contaxio, o que eleva a frecuencia desta mutación en todo o mundo.

As liñaxes principais de España experimentaron incrementos repentinos no seu tamaño efectivo nun tempo moi curto e en cidades concretas. A análise evolutiva destas liñaxes delata que detrás destas expansións do virus foi necesaria a mediación de super-contaxiadores. Existen varias fontes de evidencia en relación con este feito que teñen que ver coa vida media das cepas dos virus, as súas taxas evolutivas, localización xeográfica, ou cronoloxía, entre outras. “Por todo iso cremos que o papel dos super-contaxiadores e non variacións vantaxosas no xenoma do virus, tiveron moita máis importancia á hora de entender e explicar a epidemioloxía do SARS- Cov-2”, di Martinón.

Taxa de cambio do virus

Dos 41.362 xenomas do coronavirus, o grupo detectou 19.968 secuencias diferentes. “Hoxe é imposible recoñecer se entre os máis de 14.000 cambios xenéticos detectados, existe algún que puidese ter algunha implicación na eficacia das futuras vacinas ou nos posibles tratamentos, aínda que si é máis predicible o seu impacto sobre os métodos de diagnóstico”, apunta Salas. Segundo Martinón “é esencial estar atentos polas implicacións que pode ter, e o noso sistema de clasificación pode ser unha ferramenta clave, e formar parte das medidas de vixilancia activa de variabilidade do virus”.

A metodoloxía utilizada polo grupo de Salas e Martinón servirá de modelo para estudar calquera outra zona do mundo e demostra a posibilidade de estudar a dinámica do virus a escalas xeográficas pequenas cando se analizan nun contexto pandémico internacional. Este traballo é só unha parte dun proxecto moito máis ambicioso denominado GEN-COVID, unha aposta que integra xenómica, transcriptómica, epixenómica, proteómica e inmunoloxía. O artigo titulado ‘Phylogeography of SARS-CoV-2 pandemic in Spain: a story of multiple introductions, micro-geographic stratification, founder effects, and super-spreaders’ está tamén asinado por Alberto Gómez Carballa, Xabier Bello Paderne, Jacobo Pardo Seco e María Luisa Pérez del Molino-Bernal.